A série se foca em Lain Iwakura, uma adolescente japonesa moradora dos subúrbios e sua introdução à Wired, uma rede de comunicação global similar à internet. Lain mora com sua família de classe média, que consiste em sua inexpressiva irmã mais velha Mika, sua fria mãe, e seu pai obcecado por computadores. A primeira agitação em sua vida solitária acontece quando ela descobre que as garotas de sua escola receberam um e-mail de Chisa Yomoda, uma colega de escola que se suicidou. Quando Lain lê a mensagem em casa, Chisa a conta (em tempo real) que não está morta, mas que somente "abandonou a carne" e encontrou Deus na Wired. A partir de então, Lain é compelida a um caminho que a leva, cada vez mais profundamente, à rede e aos seus próprios pensamentos.
Lain não estava interessada em computadores até receber seu primeiro e-mail da ex-colega que se suicidou.
Episódio 2. Garotas
1998-07-13 · 24 min
Accela, uma droga criada através da nanotecnologia, é um grande sucesso entre as crianças do clube, mas o que isso tem a ver com Lain?
Episódio 3. Psique
1998-07-20 · 24 min
Lain quer saber sobre um chip de computador que alguém deixou em seu armário.
Episódio 4. Religião
1998-07-27 · 24 min
Quanto mais Lain se envolve com computadores, mais começa a mudar. Ela passa a ter dificuldades em diferenciar a realidade do Wired.
Episódio 5. Distorção
1998-08-03 · 24 min
A amiga de Lain suspeita que ela esteja envolvida em uma série de erros de computadores que causou um acidente fatal.
Episódio 6. Crianças
1998-08-10 · 24 min
Quando a própria imagem dela aparece nas nuvens, a “verdadeira” Lain entra no Wired em busca de respostas.
Episódio 7. Sociedade
1998-08-17 · 24 min
Agentes secretos em ternos pretos levam Lain para interrogatório. Quando o interrogatório questiona sobre a família dela, Lain muda da real para a da Wired rapidamente.
Episódio 8. Rumores
1998-08-24 · 24 min
O comportamento desagradável de Lain dentro do Wired a transforma em pária na escola.
Episódio 9. Protocolo
1998-08-31 · 24 min
Um DJ no clube entrega à Lain um envelope marrom contendo um chip de computador com origem desconhecida.
Episódio 10. Amor
1998-09-07 · 24 min
Lain conhece um homem que se autodenomina o “deus” do Wired e os membros dos Cavaleiros de todo mundo se conectam para um suicídio em massa.
Episódio 11. Infornografia
1998-09-14 · 24 min
Fronteiras entre a realidade e o Wired são ameaçadas quando Lain força o mundo a esquecer de um segredo que nunca deveria ter sido revelado.
Episódio 12. Cenário
1998-09-21 · 24 min
“Deus” prega que nossos corpos são um simples obstáculo impedindo a evolução da raça humana. Lain está pronta para se sacrificar.
Episódio 13. Ego
1998-09-28 · 24 min
A culpa de Lain sobre o caos causado por suas interações no Wired a fazem tomar medidas drásticas e irreversíveis.
