Em 1635, 35 anos após a Batalha de Sekigahara, o Japão parece pacífico. No entanto, a aparição de uma criatura monstruosa chamada "Gun-kyo", que devora humanos, ameaça essa tranquilidade. O shogunato queima aldeias onde o Gun-kyo aparece para esconder a verdade. Orin, uma ex-ninja que vivia tranquilamente com sua enteada, é obrigada a retornar à batalha após encontrar o Gun-kyo enquanto procurava remédios. Enquanto isso, Shiro, um Gun-kyo que mantém a consciência humana, parte em busca de suas origens e do segredo da criatura.
