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Dois anos após a misteriosa erupção ter matado sua família, Aiko mal aprendeu a andar novamente. Mas a chegada de um novo estudante muda sua vida.
Kanzaki leva Aiko à cidade, onde Kurose, antigo colega de seu pai, lhe conta a perturbadora verdade: seu cérebro foi transplantado para um corpo artificial.
A ACCA prende Aiko e Yuya, mas os infiltradores conseguem libertá-los. Mesmo com a Matéria ativa novamente, o grupo planeja ir ao Ponto Primordial.
O grupo atravessa o portal bem quando o governo ordena uma evacuação. Seu primeiro alvo é a guilhotina em K1, mas a Matéria está ativa.
Dentro da Área, o grupo descansa e se abastece no acampamento, Nanbara viaja com Kurose, mas parece ter seus próprios planos com Isazu.
Kaede atrasa a jornada do grupo ao ponto K2, aonde precisam chegar antes do amanhecer. Isazu conta o que fez a Kurose.
As Forças Especiais ACCA interceptam o grupo e tentam levar Aiko de volta. Kurose percebe que Yuzuha, a filha de Isazu, está conectada à Matéria.
Os infiltradores confrontam Aiko e Kanzaki, mas decidem continuar com a missão. Isazu se torna diretor do laboratório e tem informações sobre a Unidade Um.
O grupo chegas às instalações biotecnológicas do Ponto Primordial. Isazu consegue transmitir um vídeo questionando as intenções de Kanzaki.
Aiko tem a oportunidade de falar com seu outro eu no interior da Matéria Maligna. Enquanto isso, a Matéria em forma humana engole Yura e revela Yuzuha.
Isazu estabelece um vínculo com a Matéria para interrogar Yura. Os Serviços de Autodefesa se preparam para incinerar a Área apesar das objeções de Nanbara.
Yura confessa que suas intenções mudaram depois da decisão de Aiko. Kurose tenta cortar o vínculo entre Yuzuha e seus corpos duplicados.
