Lorsque deux mystérieux étudiants arrivent dans son lycée, Lisa rencontre des difficultés en classe et à la maison et se retrouve mêlée à une attaque terroriste.
Lisa découvre que son père a déserté la famille. Nine et Twelve fabriquent une nouvelle bombe et lancent une nouvelle menace. Kurahashi se confie à Shibazaki.
Shibazaki intègre l'agence en charge de l'enquête. Il suit une piste au sujet du vol de plutonium et lance un défi publiquement.
Shibazaki doit répondre à une devinette à laquelle lui seul connaît la réponse afin d'empêcher une bombe d'exploser, à condition que tout le monde respecte les règles.
Nine et Twelve se posent des questions sur Lisa. Shibazaki trouve un lien entre tous les attentats, mais parviendra-t-il à empêcher l'explosion d'un train à temps ?
Le chef fait appel au FBI. Lisa est choquée de voir les résultats de son travail. Five se sert de l'aéroport comme d'un échiquier.
Shibazaki et les officiers découvrent l'implication de la police. Shibizaki doit sauver les passagers d'un avion transportant une bombe.
L'attentat à la bombe déjoué est attribué au Sphinx. Shibazaki est suspendu de façon définitive. Lisa tente de s'enfuir, et Shibazaki s'intéresse au projet Athena.
Alors que Kokonoe prépare l'attaque ultime et que Hisami tente de sauver Lisa, Shibazaki découvre ce qu'est le projet Athena, ou presque.
La tension monte lorsque Nine et Twelve décident de faire bande à part. Shibazaki a rendez-vous avec le cerveau du projet Athena, Mamiya.
L'évacuation de la ville de Tokyo et la détonation d'un appareil nucléaire en haute altitude sèment la panique au Japon. Le projet Athena connaît une fin tragique.
