Miracles suit Paul Callan, un enquêteur de miracles modernes pour l'Église catholique qui remet en question sa foi après avoir trouvé des explications terre-à-terre pour divers phénomènes supposés. Après avoir été témoin d'un miracle surnaturel véritable qui lui sauve la vie, mais dont les conclusions sont rejetées pour manque de preuves, Paul quitte l'Église et est approché par Alva Keel pour rejoindre son organisation, Sodalitas Quaerito, qui enquête et documente les phénomènes "inexpliqués". Avec l'ancienne officier de police Evelyn Santos, Paul et Alva tentent de lutter contre l'imminente "obscurité" avant qu'il ne soit trop tard.
