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L'expédition, en partance vers la galaxie de Pégase et dirigée par le docteur Weir, s'installe dans la cité des Anciens. Elle se voit toutefois rapidement contrainte, pour des raisons techniques menaçant la cité et la vie du personnel, de l'abandonner pour partir à la recherche d'une nouvelle planète. Un groupe d'hommes fait la rencontre de nouveaux…
Le SGC envoie une nouvelle équipe dans la galaxie de Pégase, à la recherche de la cité perdue d'Atlantis. Les explorateurs traversent la porte du SGC et se retrouvent immédiatement dans la cité qui reprend vie lentement. Le groupe ne…
Alors que la cité est remontée à la surface au moment où le bouclier a cédé, Sheppard demande l'autorisation à Élisabeth Weir pour porter secours aux habitants du village et aux autres membres de l'expédition enlevés par les Wraiths.…
Après avoir recueilli les Athosiens sur Atlantis, deux jeunes enfants jouent à cache-cache et libèrent accidentellement une entité qui se nourrit des générateurs d'Atlantis. Le Dr McKay se porte volontaire pour tester la génothérapie du…
Le jumper étant coincé dans la porte des étoiles, l'équipe se trouve en danger de mort. De plus, un ectoparasite paralysant s'est fixé sur le cou du major Sheppard, qui est dans un état critique. Si le Docteur McKay ne trouve pas une…
L'équipe de Sheppard est victime de plusieurs attaques lors de mission d'exploration. Bates et Weir en déduisent qu'il y a un espion dans les rangs. Mais qui ?
L'équipe atterrit sur une planète peuplée d'enfants. Leur jeunesse serait un frein aux récoltes des Wraiths. Mais Rodney découvre un E2PZ dans des ruines et décide de le tester sur Atlantis.
L'équipe rencontre les Hoffans. Ces derniers ont archivé leur savoir afin de mettre au point un sérum contre les Wraiths. Beckett est prêt à les aider pour perfectionner ce sérum.
Les provisions se font rares sur la cité, et l'équipe va essayer de commercer avec les Genii. Mais cette alliance sera vouée à l'échec quand ils découvriront le vrai visage de ce peuple.
En explorant une planète, Rodney découvre un moyen de revenir sur Terre. Mais leur monde ne ressemble pas à celui qu'ils ont quitté, et le retour vers Atlantis se révèle problématique.
Une énorme tempête menace la cité et les Athosiens. Alors que Weir et Sheppard préparent l'évacuation, les Genii profitent de la situation pour envahir Atlantis.
La tempête redouble d'intensité, et un raz de marrée menace la cité. McKay tente alors d'utiliser la foudre pour alimenter le bouclier de protection et éviter sa destruction.
Alors qu'ils partent explorer un satellite Ancien, Sheppard et McKay détectent l'épave d'un vaisseau Wraith. Mais son exploration tourne mal lorsqu'ils se face à face avec le seul survivant.
Alors qu'ils inspectent la cité, McKay et son équipe sont contaminés par un virus. Malgré la quarantaine, les premières victimes décèdent, menaçant Atlantis lorsque la quarantaine est brisée.
L'équipe découvre un monde protégé des Wraiths, dominé par Chaya. Pour la convaincre de partager ce refuge, John l'amène sur Atlantis. Mais Rodney pense qu'elle leur cache quelque chose.
En explorant Atlantis, l'équipe découvre un laboratoire enfermant une femme. Après réanimation, ils découvrent avec stupeur qu'il s'agit du docteur Weir, endormie depuis 10 000 ans.
En parcourant les archives de Dagan, l'équipe découvre qu'un E2PZ fût confié à une communauté. Décidés à le retrouver, ils se lancent dans cette quête. Mais rapidement Kolya va les rejoindre.
La cité est menacée par l'arrivée imminente de vaisseaux ruches. McKay trouve alors une astuce pour envoyer un message de détresse et des informations sur Atlantis au SGC.
Victime de cauchemar, Teyla part en mission avec l'équipe dans une ancienne base Wraith. Après des analyses, Beckett et Rodney découvrent que la jeune femme possède de l'ADN Wraith.
Alors que trois vaisseaux volent vers la cité, McKay parvient à activer le satellite de défense. Pendant ce temps, Zelenka prépare l'autodestruction de la cité, et le major découvre un espion.
Les Wraiths commencent l'attaque d'Atlantis, et l'équipe craint le pire, quand le Dédale arrive à la rescousse. Mais les Wraith détruisent les ogives nucléaires -les renforts semblent destinés à échouer dans leur mission !
L'histoire suit directement la fin de la première saison, la cité est sauvée avec l'arrivée du vaisseau terrien Dédale et les Wraiths croient que Atlantis a été détruite par une explosion nucléaire. Ronon Dex rejoint l'équipe de Sheppard en remplacement du lieutenant Ford qui est contaminé par une toxine Wraith transformant le lieutenant en véritable…
Cette nouvelle saison reprend là où la 2e saison s'est terminée. Les Wraiths qui se rendent sur Terre sont arrêtés, mais le prix est lourd : l'Orion est détruit. L'expédition fait la connaissance d'un nouveau peuple qu'ils prennent pour les Anciens : les Asurans. Ces derniers se révèlent être des Réplicateurs à forme humaine créés par les Anciens. Les…
La cité est fortement endommagée et toujours à la dérive dans l'espace. Le Docteur Weir est blessée et ses jours sont maintenant comptés. Rodney réactive les nanites endormies dans le corps d'Elisabeth et cette dernière accompagne Sheppard pour récupérer un E2PZ sur la planète des Asurans afin de pouvoir sauver la Cité et ses occupants. Mais Elisabeth est…
Teyla est sur le croiseur de Michael qui se dirige vers sa base qui vient d'exploser. Avec l'aide du Dédale, Sheppard, Ronon et Rodney parviennent à sauver leur amie ainsi que son bébé avant que le croiseur n'explose laissant planer le doute sur la mort de Michael. Le docteur Keller trouve le remède pour sauver le docteur Beckett qui repart sur terre pour…
