Un sous-marin de la marine d'autodéfense maritime (MSDF) entre en collision avec un sous-marin nucléaire américain, tuant les 76 membres d'équipage, dont le commandant Shiro Kaieda. Cependant, l'équipage survit. L'accident est un leurre pour permettre à l'équipage du MSDF de monter à bord du Seabat, un sous-marin nucléaire construit en secret par les gouvernements japonais et américain. Toutefois, Kaieda charge le Seabat de missiles nucléaires et foment une mutinerie pour s'enfuir.