Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, Odd et William retournent à leur vie quotidienne d'élèves du Collège Kadic. Mais XANA, le programme multi-agents qui était devenu leur ennemi mortel et qu'ils étaient parvenus à détruire dans leurs précédentes aventures, réapparaît. Les Lyoko Guerriers réactivent le supercalculateur afin de retourner sur Lyoko, découvrir les raisons de cette réapparition et y mettre un terme avant que la Terre ne soit de nouveau menacée.

Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, Odd et William retournent à leur vie quotidienne d'élèves du Collège Kadic. Mais XANA, le programme multi-agents qui était devenu leur ennemi mortel et qu'ils étaient parvenus à détruire dans leurs précédentes aventures, réapparaît. Les Lyoko Guerriers réactivent le supercalculateur afin de retourner sur Lyoko, découvrir les…

À la suite d'étranges incidents dans le collège Kadic, Aelita est certaine que XANA est de retour et convainc les autres de rallumer le supercalculateur. Au départ, tout semble calme sur Lyoko, mais rapidement une tour est activée,…

Jérémy et Aelita ont réussi à repérer le lieu où XANA a vraisemblablement été réactivé. Nos héros décident de s'y rendre à bord du Skid, le sous-marin numérique qui permet de voyager dans le réseau mondial, et que Jérémy a reprogrammé.…

Un élève de classe de sixième poursuit les héros, provoquant chez eux d'étranges troubles dès qu'il les touche. Pas de doute : c'est un spectre. Les héros partent sur Lyoko pour désactiver la tour qui a permis au spectre d'apparaitre.…

Jérémy a programmé un nouveau véhicule, le Mégapod, un véhicule permettant de s'adapter aux mouvements de terrain du Cortex. Parallèlement, Laura, nouvelle camarade de classe des Lyoko-guerriers, cherche à en apprendre plus sur le groupe.…

Les héros sont toujours réticents envers William. De son côté, Ulrich montre des signes de jalousie en voyant que Yumi et William sont souvent ensemble. XANA attaque et envoie un clone à l'image de William pour récupérer les code-sources…

Aelita presse Jérémy de finir les modifications du véhicule qui lui permettra de retourner sur le Cortex. Elle doit en avoir le cœur net. Pourquoi y avait-il une image de son père dans ce Supercalculateur ? Malheureusement, plus ils…

Un nouveau spectre est envoyé au lycée. Odd s'en retrouve victime et ne sait plus s'exprimer autrement qu'en baragouinant des propos incompréhensibles. Sur Lyoko, la tour est inaccessible car elle est protégée par un mur composé de…

Lyoko et le Cortex étant créé sur le même modèle, Jérémie tente de créer un virus afin de détruire le Cortex de l'intérieur. N'y arrivant pas, malgré l'aide d'Aelita, il fait appel à la nouvelle surdouée du collège, Laura, à qui ils font…

Jérémie à l'idée de créer des faux-codes afin d'en charger ses amis pour repousser les attaques de XANA contre eux. Ulrich se porte volontaire pour être le premier à tester ces faux-codes.

Ulrich veut rester au lycée en raison d'une compétition scolaire de karaté. Le reste du groupe lui reproche de faire passer ses activités personnelles avant leurs missions sur Lyoko. Sur le Cortex, les héros se préparent à affronter de…

Aelita reçoit un message sur son ordinateur lui donnant rendez-vous dans un manoir. Sur place, elle y découvre sa mère, Anthéa. Mais Jérémy y devine un piège. Il demande à Laura de s'occuper de commander ses amis sur Lyoko pendant que lui…

De nombreux bugs informatiques et électriques ont lieu au collège, provoquant notamment des erreurs d'attribution des notes de devoir aux élèves. Le père de Laura vient voir sa fille au collège pour comprendre l'origine de sa mauvaise…

Odd a gagné le gros lot à la loterie européenne. Après enquête, Jérémie découvre que XANA en a pris le contrôle et qu'il y a des millions de gagnants ce jour. Pendant qu'Odd, qui se pense nouvellement riche, est parti acheter des roses…

Nouvelle mission d'enquête sur le Cortex pour localiser le supercalculateur qui génère le territoire, où William, Yumi, Odd et Aelita affontent les Ninjas. Pendant ce temps, Ulrich reste au lycée car il s'est brouillé avec Yumi à cause…

À la suite d'une nouvelle attaque d'un spectre de XANA, Odd se retrouve vide de codes et ne peut donc plus désactiver les tours de Lyoko. Vexé de ne plus pouvoir servir à l'équipe, il met en place un « bunker » dans le collège où y…

XANA lance d'étranges attaques sans cohérence. Après analyse du superscann, Jérémy découvre que les tours de Lyoko s'activent et se désactivent rapidement sans savoir expliquer pourquoi. Le groupe décide d'explorer le Cortex pour…

Un recruteur d'une grande agence de recherche en informatique quantique vient au lycée rencontrer quelques élèves, dont Jérémy et Laura. Mais il se révèle rapidement être un agent de Tyron. Si Jérémy parvient à tromper les questionnaires…

Aelita fait d'étranges rêves sur sa mère, Anthéa. Cela la rend obsédée d'en finir avec XANA. Jérémy et Laura ont justement achevé la création du virus qui doit détruire le Cortex. Ulrich s'étant fait une entorse à la cheville et Odd…

Pour empêcher XANA de récupérer sa puissance, Jérémie a l'idée de capturer un spectre et de récupérer ses codes de programmation. Mais le spectre détruit les scans durant l'opération et des particules se dévirtualisent sur Lyoko.…

Jérémie a trouvé un moyen de pirater le système vidéo du labo de Tyron. Aelita s'en réjouit: elle va pouvoir entrer en contact avec sa mère. Alors que les Lyoko-Guerriers le testent au Cortex, ils se font repérer par Tyron. Les Ninjas de…

Une nouvelle attaque pose problème aux Lyoko-Guerriers : XANA envoie un spectre polymorphe sur Terre à leur image et crée également des doubles d'eux-mêmes sur Lyoko. La paranoïa s'installe chez les Lyoko-Guerriers...

Laura a décidé de se révolter contre les Lyoko-guerriers et décide, malgré les interdictions de Jérémy, de lancer le virus qui permettra de tuer XANA mais qui coupera également tout lien en Aelita et sa mère. Elle parvient à rallier…

C'est l'anniversaire d'Aelita. Alors que ses amis lui préparent une surprise, Jérémie tombe dans un piège de XANA : ce dernier parvient à détruire le Skid et buguer l'Holomap. S'en voulant pour son erreur, Jérémie laisse tomber ses amis...

Lors d'une attaque sur le Cortex, Odd, Ulrich et Aelita se retrouvent bloqués dans une sphère qui s'avère être une boucle temporelle les ramenant indéfiniment au cours de gym de Jim qu'ils ont vécu le matin même.

Yumi et Aelita décident de retourner sur le Cortex pour contacter la mère de cette dernière. Mauvaise nouvelle : XANA attaque en envoyant un spectre sur Terre et Odd et Ulrich en font les frais ! Les choses se compliquent quand Yumi est…

XANA a atteint les 95 % de sa puissance : pour Jérémie, il est temps de détruire le Cortex. Cependant, les 5 héros ne tiennent pas face à la puissance de XANA ! Autre surprise, Tyron a retrouvé la trace des Lyoko-guerriers...
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