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Un barril radiactivo se abre accidentalmente, liberando una espantosa bestia de alcantarilla que envuelve a sus víctimas en yogur helado.
Scooby y la pandilla se ven obligados a pasar la noche en un pueblo fantasma cuando alguien roba el motor de la Máquina del Misterio.
Un misterioso camionero fantasma está aterrorizando Cueva Cristal. Además, todos los pomos de las puertas de la ciudad están desapareciendo.
Un horrible hombre cangrejo ataca la playa de Cueva Cristal atraído por las jugadoras del torneo de vóley-playa.
Una terrible criatura está convirtiendo a los niños de Cueva Cristal en monstruos.
Hay una chica nueva en el instituto de Cueva Cristal llamada Alice May que se ha fijado en Fred. Solo hay un problema: ¡Alice está muerta!
El grupo favorito de Velma llega a la ciudad y la pandilla tiene asientos en primera fila. Por desgracia, también acude un espectro malvado llamado el Fantasma.
La Feria Real de los Caballeros ha llegado a Cueva Cristal y toda la pandilla acude. Pero también lo hace un terrible gnomo que ataca a los asistentes.
Un par de gigantescas gargantúas están destrozando la ciudad, y esto afecta a las relaciones de Misterios, S. A.
Una horrible bestia mecanizada ataca la ciudad y todo parece apuntar a Scooby.
Hay un vampiro suelto en la ciudad aterrorizando a los residentes y robando objetos extraños.
Misterios, S. A. se ha disuelto y la pandilla decide pasar un fin de semana en la Universidad Darrow.
Las cigarras se apoderan de Cueva Cristal y atacan a sus ciudadanos más destacados.
La pandilla Misterios, S. A. recibe una invitación para competir en la convención anual de Misterios por Resolver.
Una ruidosa pandilla de orcos moteros decide pasar por Cueva Cristal y a nadie le hace mucha gracia.
El amor ha llegado a Cueva Cristal en forma de una mujer malvada llamada Afrodita.
La pandilla investiga la desaparición de la pandilla original Misterios, S. A.
Cuando una estudiante de intercambio llamada Mai Lee llega a la ciudad para quedarse con Velma, unos extraños magos del kung fu atacan la ciudad para atraparla.
Scooby y Shaggy ganan una cena con su héroe, Vincent Van Ghoul.
Velma se siente innecesaria. Fred tiene a Daphne y Shaggy tiene a Scooby. ¿A quién tiene ella?
El alcalde compra un templo embrujado por internet para el parque de atracciones La Tierra del Terror, pero todo se complica cuando una mantícora acosa el parque.
El aventurero favorito de Fred, Rick Spartan, llega a la ciudad para hacerse cargo de la clase de biología de la escuela.
El alcalde Jones sufre fenómenos extraños en su propia casa y los únicos que pueden ayudarlo son la pandilla de Scooby.
Hay un nuevo agente de la ley en la ciudad llamado Justicia Muerta, un sheriff zombi que solía patrullar las calles de Cueva Cristal.
La pandilla de Scooby está a punto de desentrañar por fin lo que ocurrió con los integrantes originales de Misterios, S.A.
El misterio llega a su fin. La pandilla de Scooby finalmente llega al fondo de lo que sucedió con los originales Misterios, S. A. y por qué desaparecieron.
La pandilla se ha disuelto y Cueva Cristal está siendo atacada por el malvado Bebé Bufón.
Velma y Hot Dog Water colaboran con el Sr. E para intentar «adquirir» una pieza de la exposición de un museo de Moscú.
La pandilla se pone manos a la obra cuando Bebé Bufón regresa buscando venganza y comienza a secuestrar gente por toda Cueva Cristal, ¡incluso a Daphne!
Se está produciendo una serie de crímenes extraños por la ciudad. Varios ciudadanos destacados de Cueva Cristal están destruyendo las cosas que más quieren.
Un vagón de curiosidades llega a Cueva Cristal y el feriante les muestra al Hodag, una bestia supuestamente procedente de las tierras salvajes de Wisconsin.
Cuando la obra de un artista local cobra vida e intenta acabar con su creador, la alcaldesa Nettles le pide a la pandilla que investigue.
La pandilla está viendo una vieja película de Vincent Van Ghoul en el cementerio de Cueva Cristal cuando de repente les ataca el Espectro del Cementerio.
Dos montañeros han sido atacados por Lilith, un sombrío ángel de la destrucción. Una vez en la ciudad, la pandilla decide resolver el misterio.
Un juez fantasmagórico y demente se dedica a aterrorizar a los jóvenes de Cueva Cristal, por lo que la pandilla Misterios, S. A. decide intervenir.
Durante una excursión a la nieve, una avalancha hace la pandilla Misterios, S. A. pierda el rumbo y tenga que pasar la noche en una antigua y espeluznante biblioteca.
Cuando Cassidy Williams es atacada por robots asesinos de las profundidades marinas, Misterios, S. A. la ayuda a descubrir quién los envía y por qué.
La alcaldesa recluta a la pandilla para investigar el misterio del Oso Monstruoso, un monstruo mutante que aterroriza a la ciudad de Destroido.
Cuando el malvado demonio Krampus comienza a aterrorizar a los niños malos de Cueva Cristal, la pandilla Misterios, S. A. decide investigar.
Dinamita y Fabulman se unen a la pandilla Misterios, S. A. para desentrañar el misterio de un terrible dragón-robot que aterroriza Cueva Cristal.
Cuando la pandilla Misterios, S. A. indaga en la historia de Cueva Cristal, la momia de un fraile franciscano cobra vida y comienza a aterrorizarles.
El sheriff pide ayuda a Misterios, S. A. porque cree que los extraterrestres están robando dispositivos de alta tecnología de Cueva Cristal para reconstruir su nave.
Una manada de vacas mutantes amenaza Cueva Cristal, pero la pandilla descubre que todo es parte de un complot del profesor Pericles para recuperar el disco planisférico.
Una banda de músicos fantasmas está convirtiendo en zombis a todos los que escuchan su música. Shaggy y Scooby son los únicos que pueden encontrar el remedio.
La pandilla debe detener a un demonio glotón del gluten antes de que acabe con todo el pan y la pasta de Cueva Cristal.
Un extraño motero está raptando a todas las mujeres de Cueva Cristal, así que la pandilla debe intervenir.
Fred es transportado a un futuro donde Cueva Cristal es un páramo y todos han muerto, excepto Daphne, que ahora es una anciana.
La pandilla se somete a hipnosis para saber más sobre la antigua raza Annunaki, la Malvada Entidad que hay bajo Cueva Cristal y cómo derrotarla.
Misterios, S. A. viaja al sur de la frontera en busca del Corazón del Jaguar.
La pandilla regresa de Yucatán y descubre que el malvado profesor Pericles ha esclavizado a toda la ciudad para desenterrar el tesoro maldito.
Siguiendo la pista del profesor Pericles, la pandilla viaja a través de cuevas subterráneas para descubrir por qué han estado recogiendo las cuatro llaves.
El equipo de Misterios, S. A. tiene que colaborar para evitar que la Malvada Entidad acabe con el mundo.
