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La misteriosa Catherine aparece con otra dudosa propuesta para que ella y Natsuki Ikaruga se hagan ricos. Puesto que en un mundo inundado no hay mucho que hacer, Natsuki acepta y acaba heredando a una humanoide de su abuela.
Pese a que Natsuki le ordenó marcharse con Catherine, Atri aparece junto a su cama de nuevo. La humanoide intenta ayudarlo de todas las formas posibles, aunque demuestra que no es tal altamente eficiente como profesa.
Natsuki va a la escuela acompañado de su amiga y de Atri, y aunque está está mayormente sumergida, logran entrar. Lo que no esperaban es que allí hubiera personas.
Decidido a construir un generador de energía mareomotriz utilizando las mareas, Natsuo volvió a sumergirse en el mar para buscar materiales.
El barco de Natsuki sufre el ataque de unos hombres que quieren a Atri. ¿Podrán salir ilesos de este y lograr generar energía finalmente?
Con la escuela funcionando de nuevo, llegan más estudiantes. Eso hace que los amigos de Natsuki se interesen por la vida amorosa del joven, lo que destapará un recuerdo inesperado.
Natsuki sigue intentando descifrar si Atri tiene un corazón humano o no. Pasa a la acción con ayuda de Catherine, quien empieza a enseñar a Atri sobre el amor.
Natsuki intenta aclararse y discernir qué siente realmente por Atri. Sus amigos y el diario de Atri influirán en su respuesta.
Natsuki desespera al leer el diario de Atri y le ordena dejar de fingir tener corazón. Justo cuando se distancia de ella aparece Yasuda, quien le pide ayuda para atrapar a la única humanoide de cuarta generación que queda suelta.
Tras la discusión con Natsuki y la pelea contra Yasuda, Atri lo recuerda todo sobre su antigua dueña Shiina, quien tenía una estrecha relación con Natsuki.
Natsuki ha tomado una decisión importante y se lo cuenta a los demás en la escuela. Pero cuando Atri tiene problemas, tendrán que colaborar, y rápido.
Natsuki y toda la pandilla empiezan a buscar el misterioso Eden al que Atri debe dirigirse. No tienen ninguna pista, pero Natsuki está convencido de que su abuela no los engañaría con algo así.
Natsuki debe afrontar la decisión que tome Atri, aunque rascará cada segundo que pueda para intentar salvar a la humanoide con corazón.
