Jaganathan fue un miembro activo de la escena teatral de Kerala, donde interpretó varios personajes notables y también dirigió algunas obras. Fue llevado a la industria cinematográfica por el reconocido director Aravindan en su trabajo Oridathu (1986). Desde entonces, ha actuado en cerca de 100 películas y también ha sido activo en la industria de la televisión malayalam.